平成2年に宅建業者間で広く、かつ、迅速に物件情報を交換し、契約の相手方を探索する仕組として、指定流通機構制度が発足し、全国で37の流通機構が建設大臣(現・国土交通大臣)により指定された。指定流通機構制度の不動産取引への活用を図るため、専属専任媒介物件は宅建業法により、専任媒介物件は標準媒介契約約款により、指定流通機構ヘの物件登録が義務づけられた。その後、より広範かつ多数の物件情報を取引関係者が共有することにより、取引の一層拡大と、不動産取引市場の透明化を図る必要が生じたため、平成7年の業法改正で専任媒介物件についでも登録を義務づけるとともに、指定流通機構の法的位置づけを明確にすることとなった。これにより、平成9年4月から全国4組織(東日本不動産流通機構、中部圏不動産流通機構、近畿圏不動産流通機構、西日本不動産流通機構)の流通機構が建設大臣(現・国土交通大臣)の許可・指定を受け、法人格を有する組織として発足した。